DAPI与DNA中大部分A，T碱基相互结合的荧光染料﹐常用于荧光显微镜观测。因为DAPI可以透过完整的细胞膜﹐它可以用于活细胞和固定细胞的染色。当DAPI与双链DNA结合时，最大吸收波长为358nm，最大发射波长为461nm。

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